Jaguares de Córdoba fue fundado el 5 de diciembre de 2012 tomando la ficha del antiguo Sucre Fútbol Club. Debutan segunda división en el año 2013 con una victoria en montería sobre Real Cartagena.
Posteriormente, en el año 2014 ganaría el primer torneo de ascenso del año, lo que lo haría pelear un cupo a primera división a final de año contra el campeón del segundo semestre.
El campeón del segundo semestre fue el Deportes Quindío. Jaguares peleó el ascenso contra el equipo Eje Cafetero, cayó Derrotado 2-0 en Armenia, pero en la vuelta los monterianos remontarían el partido 3 a 0 y lograrían el ascenso a primera división.
Debutan en la primera categoría en el año 2015 el partido frente al Deportivo Cali que terminaría 0-0, ese semestre Jaguares quedará en la posición 15 y en el otro semestre quedaría en última posición, salvándose del descenso por muy poco.
Las alegrías llegarían en el año 2017 cuando el equipo dirigido por Hubert Bodhert clasificaría a fases finales en ambos torneos, siendo eliminado en el primer semestre en cuartos de final por Atlético Nacional y en el segundo semestre en la misma fase por Independiente Santa Fe.
El muy buen año de los monterianos le dio acceso por primera vez al torneo internacional, se clasificaron para la Copa Sudamericana 2018, donde enfrentarían a Boston River de Uruguay, el partido de ida en montería ganó Jaguares 2-1, pero en la vuelta perdieron tres goles por cero.
De ahí en adelante no vendría muchas alegrías para Jaguares, ya que no han podido volver a clasificarse a fases finales y ha estado coqueteando constantemente con el descenso, en el año 2024 será su décima temporada en primera división.