La batalla legal que enfrenta Ecopetrol con la autoridad tributaria por $5,3 billones no surgió de la nada. Es el resultado de un cambio drástico en la forma como la Dian interpreta el cobro del Impuesto sobre las Ventas a los combustibles importados, una modificación que la petrolera considera ilegal y que tiene su origen en la tensión entre dos normas del mismo estatuto.
Durante años, Ecopetrol importó gasolina pagando un tratamiento tributario que consideraba ajustado a derecho. Sin embargo, en diciembre de 2024, la Dian emitió un concepto técnico que alteró las reglas del juego: determinó que todas las compras externas de combustible deben pagar IVA del 19 por ciento calculado sobre el valor declarado en aduanas.
La postura de la autoridad fiscal se fundamenta en el artículo 459 del Estatuto Tributario, que establece la regla general para liquidar el impuesto en cualquier importación. Según este artículo, la base gravable debe ser el valor en aduanas de la mercancía más los aranceles correspondientes.
Pero Ecopetrol y la Refinería de Cartagena defienden otra lectura. Su argumento jurídico se apoya en el artículo 465 del mismo estatuto, una norma especial que otorga al Ministerio de Minas y Energía la facultad exclusiva de fijar los precios de referencia para calcular el IVA sobre productos refinados del petróleo, incluyendo combustibles como gasolina y ACPM.
Este artículo, desarrollado por el Decreto 1082 de 1994, fue diseñado precisamente para que existiera un precio oficial establecido por la cartera de Minas como base del tributo. Mientras ese precio no se fije, sostiene la petrolera, no existe fundamento legal para cobrar el impuesto.
El choque entre ambas normas no es nuevo en el derecho tributario colombiano. En análisis previos de la propia Dian se había reconocido que, cuando dos disposiciones del mismo estatuto entran en conflicto, debe aplicarse el principio de especialidad: la norma específica prevalece sobre la general.
Sin embargo, la autoridad tributaria modificó su criterio. Ahora argumenta que “la competencia del Ministerio de Minas y Energía para fijar precios de ciertos productos refinados no suspende la aplicación del IVA” y que, ante la ausencia de resolución vigente del ministerio, debe regir la regla general del artículo 459.
El problema para Ecopetrol es que esta nueva interpretación se aplicó de manera retroactiva. La compañía venía pagando el IVA bajo criterios diferentes —en algunos casos con tarifa del 5 por ciento— pero ahora la Dian reclama la diferencia correspondiente a las importaciones ejecutadas entre 2022 y 2024, más sanciones e intereses de mora.
El conflicto se intensificó cuando en mayo de 2025 la Unión Sindical Obrera reveló públicamente el alcance de la disputa. César Loza, entonces presidente del sindicato, advirtió que el cobro inicial de $9,4 billones podría escalar hasta $21 billones si se extendía también al ACPM.
El sindicato denunció que la medida equivalía a “una reforma tributaria individual” para Ecopetrol y acusó a la Dian de intentar cerrar el déficit fiscal de 2024 a costa de la estabilidad financiera de la empresa más grande del país.
La Refinería de Cartagena, que también recibió cobros por el mismo concepto, añadió otro argumento: opera bajo régimen de Zona Franca, un modelo aduanero especial. La autoridad fiscal considera que cada litro de combustible que sale de Reficar hacia el resto del territorio es técnicamente una importación sujeta a IVA. La refinería rechaza esta lectura.
Para complicar más el panorama, un fallo del Tribunal Superior de Cartagena en diciembre de 2025 negó una tutela presentada por Reficar que buscaba frenar el embargo de $1,3 billones. El tribunal consideró que la empresa no demostró un “perjuicio inminente e irremediable”, lo que permitió a la Dian avanzar en el recaudo.
Pese a mantener su defensa jurídica, Ecopetrol comenzó a pagar desde enero de 2025 el IVA sobre las importaciones bajo el nuevo criterio de la Dian. Solo en ese año, la compañía desembolsó más de $3,6 billones por este concepto, aunque estima que podría recuperar aproximadamente $3,3 billones mediante mecanismos de devolución si gana el litigio.
La Procuraduría General convocó en noviembre de 2025 una mesa técnica urgente para intentar resolver el conflicto antes de que escalara. Sin embargo, la reciente resolución confirma que las partes no lograron un acuerdo.
Ahora el caso avanzará por la vía judicial contenciosa administrativa, donde un tribunal deberá determinar si prevalece el artículo general que defiende la Dian o la norma especial que invoca Ecopetrol. La respuesta no solo definirá el futuro de estos $5,3 billones, sino que sentará precedente sobre cómo se cobran impuestos a los combustibles importados en Colombia.
